Компания Биософт была создана в 2008 году Александром Келем и Федором Колпаковым при участии Института Системной Биологии, Новосибирск. Создатели Биософт в то время имели одну главную идею, которую им хотелось воплотить в жизнь: они хотели поставить на поток процесс решения фундаментальной научной проблемы поиска и валидации терапевтической мишени и лиганда, с которой в каждодневной практике сталкиваются абсолютно все фармацевтические компании. Эта идея привела Александр и Федора к понимаю необходимости создания унифицированной платформы для анализа биомедицинских данных. Федор Колпаков в том момент уже работал над созданием прототипа такой платформы и поэтому в относительно короткие сроки была выпущена коммерческая версия BioUML платформы. Эта платформа очень легко обновляется путем добавления к ней новых модулей.
В 2009 году Александр Кель и Федор Колпаков выработали идею возможности разработки новых модулей для платформы сторонними программистами. Это могло позволить BioUML платформе стать настоящим мировым лидеров в области ПО для анализа биомедицинских данных, поскольку количество доступных через платформу приложений и баз данных росло бы с каждым днем благодаря стратегии краудсорсинга. В настоящий момент проект Биософт начал создание такой платформы и благодаря Фонду Сколково, инвестировавшего в него в 2012 году 5 млн. рублей, платформа BioUMLв настоящий момент подготавливается для работы в режиме, допускающем использование стратегии краудсорсинга при создании новых модулей.
В 2012 году создатели компании Биософт пришли к новой идее. Они решили не просто сделать информационную платформу для анализа биомедицинских данных, они решили открыть настоящую интернет-биржу научных услуг. Любая научно-исследовательская организация (будь то контрактная исследовательская организация или академический институт – неважно) может зарегистрироваться на сайте компании Биософт и опубликовать список своих сервисов. Списки компаний и сервисов определенным образом сортируются сотрудниками проекта Биософт и упорядочиваются таким образом, что клиенты нашего сайта могут найти любой интересующий их научный сервис. Более того, компания Биософт сможет предоставлять беспрецедентную услугу разработки нового лекарственного препарата «под ключ» путем объединения в единую цепочку ряда услуг, оказываемых различными научно-исследовательскими организациями через создаваемую интернет-биржу. В настоящий момент проект Биософт занимается поиском и привлечением инвестиций для реализации этой идеи.