Высокорейтинговый научный журнал Nucleic Acids Research (NAR) опубликовал наш обзор базы данных GTRD.

Текущая версия базы данных GTRD (http://gtrd.biouml.org) содержит информацию о:

(1) сайтах связывания транскрипционных факторов (ССТФ) и коактиваторах транскрипции, определенных в экспериментах ChIP-seq для Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe и Arabidopsis thaliana;

(2) областиях открытого хроматина и ССТФ, идентифицированных с помощью DNase-seq;

(3) не отображаемых областях, где ССТФ не могут быть идентифицированы из-за повторов;

(4) потенциальных ССТФ как для человека, так и для мыши с использованием позиционных взвешенных матриц базы данных HOCOMOCO. 

Веб-интерфейс для доступа к GTRD был разработан с использованием платформы BioUML. Он обеспечивает просмотр и отображение информации, расширенные возможности поиска и встроенный геномный браузер.

Полная версия статьи доступна по ссылке https://academic.oup.com/nar/article/47/D1/D100/5184717