Высокорейтинговый научный журнал Nucleic Acids Research (NAR) опубликовал наш обзор среды BioUML.

BioUML (домашняя страница: http://www.biouml.org, главный общедоступный сервер: https://ict.biouml.org) представляет собой интегрированную среду (платформу) на основе веб-технологий, предназначенную для системной биологии и анализа биомедицинских данных, генерируемых омиксными технологиями. Цель BioUML - предоставить вычислительную платформу для построения виртуальной клетки, виртуального физиологического человека и виртуального пациента. BioUML включает в себя широкий спектр возможностей, включая доступ к биологическим базам данных, мощные инструменты для системной биологии (визуальное моделирование, моделирование, подбор параметров и анализ), геномный браузер, скрипты (R, JavaScript) и механизм создания воркфлоу. Благодаря интеграции с Galaxy и R / Bioconductor, BioUML предоставляет широкие возможности для анализа омиксных данных. Архитектура, основанная на плагинах, позволяет пользователю легко добавлять новые функции. Чтобы облегчить фокусировку пользователя на конкретной задаче или базе данных, мы разработали несколько предопределенных перспектив, которые отображают только те элементы веб-интерфейса, которые необходимы для конкретной задачи. Для поддержки совместной работы над научными проектами существует центральная система аутентификации и авторизации (https://bio-store.org). Редактор диаграмм позволяет нескольким удаленным пользователям одновременно редактировать диаграммы.

Полный текст этой публикации доступен по ссылке https://academic.oup.com/nar/article/47/W1/W225/5498754